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Offre de thèse: Vigne - Résistance - approches protéomique et métabolomique

06/08/2015
Source ABG
Identification et étude de marqueurs de la résistance induite chez la vigne par des bactéries bénéfiques: approches protéomique et métabolomique

Référence : ABG-63171
Type d'offre : Offre de thèse
Financement : Public : Financement d'une thèse de 3 ans en co-tutelle France-Portugal
Niveau de salaire : < 25 K€ brut annuel
Lieux de travail : Reims et Lisbonne - France
Spécialité : Biologie, médecine, santé - Aspects molécul. et cellul. de la biologie - Agronomie
Métier : Non défini
Début de parution : 12/06/2015 
Date limite de candidature : 04/09/2015 

Unité de Recherche Vignes et Vins de Champagne URVVC EA 4707, Université de Reims (France) et le Center for Biodiversity, Functional & Integrative Genomics-BioFIG, FCUL, Campo Grande, University of Lisbon, 1794-016 Lisboa, (Portugal) développent des recherches sur la compréhension des mécanismes impliqués dans la mise en place de la résistance naturelle ou induite par des bactéries bénéfiques ou des MAMPs chez la vigne lors de l’interaction avec P. viticola et B. cinerea. La complémentarité entre les deux laboratoires repose sur leurs compétences pluridisciplinaires en génétique et amélioration des plantes, phytopathologie, physiopathologie et métabolisme de la plante, mais aussi sur la disponibilité d'outils et d'infrastructures (plateformes analytiques, laboratoires, serres, réseau expérimental).

Description du sujet de thèse

La priorité pour une viticulture durable est de réduire fortement l’utilisation des intrants chimiques en développant des méthodes de bio-contrôle. L’induction de la résistance systémique (ou ISR) de la plante par des bactéries mutualistes apparaît comme une stratégie prometteuse qui concilie une protection durable et le respect de l’environnement. Elle repose essentiellement sur l’activation du système immunitaire innée de la plante. Chez la vigne, bien que cette approche semble être efficace pour contrôler la pourriture grise, les éléments clés des mécanismes de l’ISR mis en jeu ne sont pas encore identifiés et les réponses de défense induites ne sont pas systématiquement associées à une protection efficace contre la maladie. Ceci nous incite à identifier des marqueurs spécifiques de l’ISR au plan local et systémique afin de mieux appréhender l’étude de l’interaction plante-bactéries bénéfiques sous différentes conditions. Cette question sera abordée via l'utilisation de deux bactéries bénéfiques issues du vignoble, Pseudomonas fluorescens PTA-CT2 et Bacillus subtilis PTA-271, induisant des niveaux d’ISR différents contre B. cinerea. La différence d’efficacité des deux souches va nous permettre de cibler davantage les réponses qui ont un lien étroit avec la résistance à l’agent pathogène. La comparaison entre les deux traitements sera réalisée par une double approche protéomique (DIGE ou iTRAQ) et métabolomique (LC-MALDI MS/MS) en collaboration avec le Center for Biodiversity, Functional & Integrative Genomics-BioFIG, FCUL, Université de Lisbonne (Portugal). Les profils protéiques et métabolomiques induits par les deux souches au niveau local (racines) et systémique (feuilles et fleurs) seront comparés avant et après contamination de la plante par l’agent pathogène afin de cibler les réponses spécifiquement régulées en situation de forte résistance et établir ainsi une liste de marqueurs potentiels de l’ISR. Une liste de peptides et de métabolites accumulés et donc potentiellement «marqueurs de l’ISR » sera obtenue. La spécificité de certains métabolites devra être validée par une analyse en UPLC. Une étude des transcrits sera également réalisée par RT-PCR quantitative après identification de protéines différentiellement exprimées en situation d’ISR. Cette étape permettra de comprendre la régulation moléculaire et spatiotemporelle de l’expression des protéines et la production de métabolites potentiellement marqueurs de l’ISR.

Profil des candidats :

Le projet requiert un(e) doctorant(e) (3 ans) ayant un cursus bien adapté.
Le/la candidat(e) doit avoir un Master 2 en Sciences du Végétal ou équivalent avec un background en mécanismes de défense des plantes ou en phytopathologie. Il/elle doit avoir une motivation réelle pour mener à bien sa thèse en co-tutelle entre la France et le Portugal. Des connaissances en protéomique et/ou métabolomique seraient un plus.

Mots clés associés : protéomique, métabolomique, Vigne, immunité innée, Résistance induite, bactéries bénéfiques, Botrytis

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