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Stage M2 - Bioaster -Lyon

12/11/2015
BIOASTER  Institut de Recherche Technologique dans le domaine de la santé en France,  Recherche un(e) candidat(e) de Master 2

Date limite de candidature: Je, 31/12/2015

Description du poste:

BIOASTER est l'unique Institut de Recherche Technologique dans le domaine de la santé en France. Dédié à l'infectiologie et à la microbiologie, il rassemble les compétences de l'industrie et de la recherche publique pour répondre aux enjeux de santé publique liés aux maladies infectieuses.

Fondation de Coopération scientifique dotée d'infrastructures et de moyens propres, l'IRT BIOASTER s'inscrit résolument dans une optique de développement économique et industriel, créatrice de richesses et d'emplois.


RATTACHEMENT : Unité Technologique Métabolomique et Protéomique.

DUREE : 6 mois
MISSION/CONTEXTE

Les fonctions biologiques sont régulées par un ensemble de mécanismes moléculaires qui mettent en jeu le génome, le transcriptome, le protéome, et le métabolome. La modulation de ces mécanismes peut être due à des caractéristiques purement génétiques, environnementales ou nutritionnelles, et a un effet direct sur la santé des individus. La métabolomique a pour objectif de mesurer l’évolution du métabolisme en quantifiant les petites molécules (métabolites) dans l’organisme. Elle est aujourd’hui considérée comme une discipline importante pour mieux comprendre les maladies métaboliques, infectieuses ; pour optimiser la production de solutions vaccinales en microbiologie par exemple.

Elle trouve notamment ses applications dans la santé, l’industrie pharmaceutique, la bio-production, l’industrie agro-alimentaire, la nutrition, l’environnement.

Le sujet proposé dans ce stage de Master 2 porte sur la modélisation des flux métaboliques en microbiologie. Un point d’intérêt sera mis sur la fluxomique non-stationnaire qui permet d’avoir une vue dynamique des mécanismes de régulation cellulaire et donc une meilleure interprétation des fonctions biologiques.

Mots clés : Bioinformatics, Metabolomics, Fluxomics, Flux balance analysis (FBA), Metabolic flux analysis (MFA), Non-stationary fluxomics, 13C-labelled fluxomics, Metabolic networks.
ACTIVITÉS
  • Faire un état de l’art des techniques et outils de modélisation de flux métaboliques (stationnaire et non-stationnaire) en microbiologie et en infectiologie,
  • En lien avec l’équipe d’expérimentation et le bio-informaticien de l’unité, vous devez proposer, implémenter et valider une solution technique (méthode, protocole, design expérimental, modèle, algorithmes) qui permet de répondre à la problématique proposée,
  • Livrer à la fin de votre stage, un rapport scientifique qui résume vos activités et les résultats obtenus durant ce stage.
PROFIL SOUHAITE

Compétences
  • Master 2 Pro/Recherche
  • Bio-informatique ou en Mathématique appliquée, Informatique, Ingénierie électrique.
  • Connaissance des outils d’estimation de paramètres, d’optimisation linéaire (et/ou non-linéaire), du traitement du signal.
  • Connaissance des outils de programmation (Matlab, R, C/C++, MySQL)
  • Présentation écrite et orale
  • Anglais scientifique (être capable de faire la veille bibliographique dans des revues scientifiques)

Qualités personnelles
  • Rigueur, organisation et méthode
  • Capacité à travailler de façon autonome et en équipe
  • Capacités d'analyse et esprit de synthèse
  • Intérêt pour le développement en bioinformatique
Nom du contact: Dumontet Julie
Email du contact: 
job@bioaster.org
stages.bioinfo@bioaster.org

Liste de diffusion du RFMF ouverte à tous et gratuite.

Depuis le 1er Janvier 2017 la liste de diffusion est ouverte à tous, Pour vous inscrire suivez le lien.

Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique
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