Offres & annonces

Offre Développeur d’outils MS/MS pour le projet Workflow4Metabolomics sous Galaxy

06/06/2017
 Mots clés: Metabolomique, MS/MS, Workflow4Metabolomics, Galaxy, R, Intégration d’outil

Contexte
L’émergence du domaine de la métabolomique s’est accompagnée de la génération de vastes ensembles de données caractérisés par différents niveaux de complexité (multidimensionnalité, redondance, bruit,…). Un certain nombre d’outils, procédures, bases de données, et cadres normalisés existent aujourd’hui, mais l’utilisateur doit encore naviguer entre différents logiciels pour les utiliser avec les contraintes d’installation des outils et de reformattage des entréee et sortie des outils. L'environnement Galaxy permet de fédérer ces outils au sein d’une même instance. Dans le cadre du développement de nouveaux outils et du déploiement de nouvelles solutions nous recherchons un(e) ingénieur motivé pour contribuer au projet Workflow4Metabolomics et renforcer les équipes impliquées.
 

Durée du poste: 12 mois (+ 12 mois de prolongation possible)
Date de début: septembre 2017
Ville: Roscoff (29)
Laboratoire: Plateforme de Bioinformatique ABiMS
Adresse:
Station Biologique de Roscoff
Place Georges Teissier
29680 Roscoff

Détails de l'offre ici

Date Limite de candidature 7 Juillet 2017
Demandes de renseignements et candidatures sont à adresser à :
Gildas Le Corguillé et Yann Guitton
abims.job@sb-roscoff.fr et yann.guitton@oniris-nantes.fr
 

Description du projet et des missions

L’ingénieur(e) recruté(e) serait affecté(e) aux volets : (i) développement d’outils innovant dans l’instance W4M, (ii) interaction avec les plateformes du dispositif Corsaire/BGO et (iii)  formation des utilisateurs.
Ces missions s’articuleront plus particulièrement sur un des points bloquant des études métabolomiques actuelles : l’identification des biomarqueurs. En effet, malgré les évolutions technologiques récentes (Haute résolution, sensibilité accrue…), la richesse du métabolisme fait qu’il reste encore aujourd’hui difficile d’identifier formellement un composé. Diverses solutions logicielles émergent actuellement dans la communauté mais tous ces outils ayant été développés dans différents langages de programmation. La plateforme Galaxy est un environnement qui permettra l’intégration de ces outils dans une même instanceprésentant ainsi un réel avantage au projets W4M car les utilisateurs pourront directement comparer/fusionner les résultats des ces différents outils.
La phase de développement et la validation de ces outils se feront en étroite collaboration avec les différentes plateformes productrices de données du dispositif Corsaire/BGO via des cas d’utilisation (use cases) propre à chacune (algues, santé, déréplication, …)
Tous ces développements permettront de faire de W4M une instance incontournable pour le traitement de données métabolomiques issues de LC-MS/MS.
La formation des utilisateurs finaux à l’utilisation de l’outil et la communication autour du service sont des points clé du rayonnement de W4M. C’est pourquoi la personne recrutée sera amenée à participer activement à l’organisation et l’animation d’une école chercheur W4M par an et à l’organisation de la communication autour de l’instance (Site Web ,Newsletter…)

 

Liste de diffusion du RFMF ouverte à tous et gratuite.

Depuis le 1er Janvier 2017 la liste de diffusion est ouverte à tous, Pour vous inscrire suivez le lien.

Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique
TOP